Il Coro Polifonico San Nicola è stato istituito nel 1991 per iniziativa del suo maestro Stefano Barandoni presso la parrocchia di San Nicola e Santa Lucia di Pisa, dove da molti anni è attivo il Coro di voci bianche dei Pueri Cantores, e il suo nucleo iniziale fu costituito da ex-appartenenti al Coro di voci  bianche.

            Nei primi anni di attività il Coro si è subito caratterizzato nel panorama musicale toscano per la riscoperta dell’antica musica sacra pisana del Seicento, Settecento e Ottocento e in particolare di quella della Chiesa dei Cavalieri di Santo Stefano. Numerosi concerti sono stati realizzati insieme ad orchestre locali ed europee con prime esecuzioni di questo repertorio pisano: in particolare si ricorda il concerto Il Settecento Musicale Pisano. Maestri di cappella nella Chiesa dei Cavalieri di Santo Stefano, in occasione della presentazione dell’Archivio Musicale dell’antica Cappella Musicale dei Cavalieri di Santo Stefano (riportato alla luce dal maestro del Coro Stefano Barandoni) nel 1992, il concerto Vespri di Santo Stefano papa e martire nel 1999 e il concerto Requiem in suffragio di Ludovico di Borbone re d’Etruria di Filippo Maria Gherardeschi nel 2003. Di questi concerti, tutti per soli, coro e orchestra, sono stati pubblicati pregevoli compact disc.

            Il Coro ha partecipato a numerosi concerti polifonici e con orchestra in vari centri italiani (Roma, Carrara, San Gimignano, Firenze, Pistoia, Sorrento, Assisi, Udine, Viterbo, Siena, Fidenza, Busseto, Livorno) e tedeschi (Unna, Amburgo, Lubecca, Wisbaden, Offenbach), collaborando con orchestre quali Camerata Musicale, Cittàlirica, Clara Schumann, Girolamo Frescobaldi, Orchestra Giovanile di Amburgo e Orchestra dell’Accademia di Wiesbaden,. Tra i programmi più significativi con orchestra si ricordano: Requiem di Mozart (1999),  Messa di Gloria e Credo di Donizetti (2000), Te Deum di Charpentier (2000), Coronation Anthems di Haendel (2002), Messa di Gloria di Puccini (2004), Ionas di Carissimi (2005), Ah, troppo è ver di Stradella (2005), Messa della Trinità di Mozart (2006), Credo e Magnificat di Vivaldi (2007). Il repertorio polifonico invece spazia dalla polifonia rinascimentale sacra e profana, fino al periodo romantico, con particolare attenzione alla produzione di Mendelssohn. Nel 2001, anno del decennale, il Coro ha presentato in prima esecuzione l’oratorio Agostino d’Ippona per soli, coro e orchestra di Marco Bargagna.

            Il Coro partecipa a laboratori di musica lirica con la produzione di La Bohème, Tosca, Madama Butterfly, L’elisir d’amore, La traviata, Aida e Il trovatore nei teatri di Volterra, Santa Croce sull’Arno, Cascina e Rosignano. Nel dicembre 2008 ha tenuto un applaudito concerto al Teatro Verdi di Pisa, presentando una serie di canti dal repertorio rinascimentale e barocco e una selezione da "L'Elisir d'amore" di Gaetano Donizetti.